Die Oasen sind seit über 10'000 Jahren kontinuierlich besiedelt. In Dakhla finden sich die ältesten pharaonischen Zeugnisse der ägyptischen Oasengouverneure (ca. 2250 v.Chr.). Erst kürzlich wurde der Gouverneurspalast freigelegt.

Einige hundert Jahre später errichteten lokale Machthaber farbenfrohe Grabanlagen und Tempel für die ägyptischen Götter. Ihnen unterstanden die Tributabgaben – sie bestanden aus Wein und Palmmatten – an den ägyptischen Staat.

Im Jahre 331 v. Chr. suchte Alexander der Grosse, das weltbekannte Amun-Orakel von Siwa auf.

Ab dem Mittelalter sind die Oasen politisch bedeutungslos geworden. Heute lagern dort die wichtigsten Eisenerz- (Baharia) und Phosphatvorkommen (Kharga) Ägyptens.